Auf einer kleinen Insel im großen Meer wacht ein Junge an seinem Geburtstag auf und ahnt noch nicht, was für ein Abenteuer auf ihn wartet.

Ganondorf, das personifizierte Böse, durchstreift die Welt auf der Suche nach den Nachkommen des Helden der Zeit.

Links Mut wird ihn auf einer unvergesslichen Reise über das große Meer und noch weiter führen.

Als Links Schwester entführt und in die verwunschene Bastion gebracht wird, nimmt er die Verfolgung auf - zusammen mit der Piratin Tetra und ihrer Mannschaft. Als er seine geliebte Aril gerade retten will, wird Link ins Meer geschleudert, wo er auf den roten Leuenkönig trifft; das ist ein weises Boot, das ihm von den legendären Deamonten erzählt. Zusammen segeln sie über das große Meer und versuchen, die Welt vor der Dunkelheit zu retten.